内蒙古境内分布着数千条长短不等的河流，其中流域面积有1000平方公里以上的河流就有70多条，全区水资源总量为518亿立方米。黄河是内蒙古最长的河流，在内蒙古境内全长800公里，不仅给内蒙古带来了灌溉之利，而且还提供了航运、发电和渔业之便。由于黄河由南向北进入内蒙古，在冬季河流封冻和春季河流解冻时，大量冰块在内蒙古河套一带受阻，形成冰坝，称为“凌汛”，这是黄河在内蒙古段的特有现象。

额尔古纳河是内蒙古的又一大河，长540公里，其上游称为海拉尔河，沿途接纳了免渡河、莫日格勒河、伊敏河等支流成为中俄之间的界河，现已开展界河游。其它较有名的河流还有嫩江、西辽河等。