藕塘改造蟹塘的消毒过程可以概括为以下几个步骤：

物理方法。首先排干池水，并晒塘处理，这有助于去除多余的淤泥和有机物。在晴天中午，开启增氧机1到2小时，以增加池塘上下水层的交换，提升池塘底部的溶氧量，有利于有益菌的生长。

化学方法。使用生石灰进行清塘，生石灰不仅可以中和淤泥中的有机酸，还能起到消毒杀菌的作用。生石灰的用量为水深10厘米时，每亩用量约为50到75千克。生石灰应均匀撒在塘底，并与底泥充分混合。

生物方法。在蟹塘改造过程中，可以在池底施用有益菌，这些菌类能够分解或吸收积累的有机物和有毒有害物质，如芽孢杆菌能有效分解池底部的有机物，并为藻类提供营养盐，形成良性循环。

综合处理。在消毒后，应及时更换塘水，确保消毒剂残留被清除，避免对螃蟹造成伤害。同时，注意控制改底的频率和力度，避免对蟹塘造成过大的扰动，并及时监测水质变化，确保水质符合螃蟹生长的需求。

通过上述综合方法，可以有效消毒藕塘改造后的蟹塘，为螃蟹创造一个良好的生长环境。