分居三年后，您可以通过以下两种方式申请离婚：

协议离婚

双方协商一致，签订书面离婚协议。

向婚姻登记机关申请离婚登记。

经过离婚冷静期后，双方亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证。

诉讼离婚

向人民法院提起离婚诉讼。

法院审理离婚案件，首先进行调解。

如果感情确已破裂且调解无效，法院应当准予离婚。

判决生效后，婚姻关系解除。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

如果感情确已破裂，或有其他导致夫妻感情破裂的情形，调解无效的，应当准予离婚。

请根据您的具体情况选择合适的离婚方式，并咨询当地婚姻登记机关或法律专业人士获取更详细的指导和帮助