当C1驾驶证被扣12分时，您需要按照以下步骤处理：

缴纳罚款

如果交警已经开具了罚单，您可以直接前往指定的违法罚款缴纳点进行罚款缴纳，此时无需携带驾驶证。

若尚未收到具体罚单，则需要携带驾驶证和行驶证前往交警队确认违法行为并接受处罚。

参加交通安全教育

缴纳罚款后，您需要参加为期7天的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。学习可以在机动车驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门进行，一般总学时需要在15天内完成。

重新考科目一

学习结束后，车辆管理所会在20日内安排对您进行相关知识考试。考试合格的，记分将予以清除，并发还您的机动车驾驶证；考试不合格的，需要继续参加学习和考试，直至通过为止。

注意相关法规

若在一个记分周期内没有完成满分学习，到了下一个周期，您的驾照依然不能用，甚至不能办理任何驾照相关业务。原来扣的分数也不会自动清零，必须等完成学习和考试后，才会重新开始新的记分周期。

通过以上步骤，您可以重新获得驾驶资格并清除记分。建议您尽快处理，以免影响正常驾驶和驾照使用。