二级建造师的证书是由 人事部与建设部共同颁发的。具体流程为：

考试组织：

二级建造师考试由各省自行组织，实行全国统一大纲，每年举行一次。

考试合格：

通过二级建造师执业资格考试的人员，将获得相应省份的建设厅（局）颁发的《中华人民共和国二级建造师执业资格证书》。

注册程序：

取得建造师执业资格证书后，需经过注册登记，方可获得二级建造师注册证书，注册后的建造师方可受聘执业。

因此，二级建造师的证书是由各省、自治区、直辖市的建设厅（局）颁发，并由人事部与建设部共同负责证书的发放和管理。