浙江省海洋水产养殖研究所始建于1953年，前身是温州水产技术指导站，1958年在温州地区水产研究所的基础上更名为浙江省海洋水产研究所温州分所，1986年12月，经浙江省人民政府批准，正式升格为“浙江省海洋水产养殖研究所”。研究所座落于浙南温州，是一所拥有50余年海洋与渔业科学研究历史，多学科综合性的省属公益性重点科研机构。建所伊始，主要从事渔业资源和环境的调查研究和海水苗种繁育、养殖技术的研究和推广。经过发展，现已由建所初期较单一的学科，发展为集海水增养殖技术、海洋生物与遗传育种、海洋生物渔业资源与生态修复技术、水产养殖病害及生物技术、海岸带环境及涉海工程的评估及监测评价等五大学科，涵盖三十余个研究方向，形成了优势突出、多学科并进的科研体系。