中国科学院水生生物研究的前身是成立于1930年的国立中央研究院自然历史博物馆，主任钱天鹤，馆址南京。

1934年7月1日，自然历史博物馆改名为动植物研究所，王家楫任所长。抗日战争爆发后，动植物研究所于1937年9月由南京开始迁往长沙，后到南岳，又迁到广西阳朔，1939年初到达四川重庆北碚。

1944年5月，中央研究院评议会作出决定，动植物研究所分建为动物研究所和植物研究所。王家楫任动物研究所所长。抗日战争胜利后，动物研究所由北碚迁至上海。

中国科学院成立后，于1950年将原中央研究院动物所的主体、植物研究所的部分研究人员以及北平研究院动物研究所的部分研究人员合并组建为中国科学院水生生物研究所，所址上海。

1950年5月19日，中央人民政府政务院周恩来总理签署了任命王家楫、伍献文为中国科学院水生生物研究所所长、副所长的通知书。6月20日，竺可桢副院长在中国科学院第一次扩大院务会议上宣布首批15个研究机构成立，其中水生所研究有关水生生物的基本学理，以配合水生动植物生产的需要。主要任务包括水生生物资源调查，水生生物与环境的关系，养殖与育种实验。下设太湖淡水生物研究室，室址江苏无锡蠡园，主任伍献文；青岛海洋生物研究室，室址山东青岛，主任童第周。

1951年2月，增设厦门海洋生物研究室，主任沈嘉瑞，1953年1月撤销。农业部水产总局根据我国渔业和水产养殖业发展状况，与中国科学院会商，建议中国科学院水生生物研究所从上海迁至湖北武汉。

1952年11月1日，中国科学院第42次院长会议同意水生所及太湖淡水生物研究室迁武汉。

1954年1月，青岛海洋生物研究室独立，更名为中国科学院海洋生物研究室（现中国科学院海洋研究所）。

1954年9月，中国科学院水生生物研究所及太湖淡水生物研究室迁往湖北武汉，成为我国以淡水生态学为主的水生生物学研究中心。

1970年，中国科学院水生生物研究所下放湖北省，改称湖北省水生生物研究所。

1978年，研究所回归中国科学院直属建制，恢复现名。

线路一：

驾车路线：全程约31.9公里

起点：杭州市广厦天都城

1.从起点向正西方向出发，行驶60米，右转

2.行驶50米，左转进入天祥东路

3.沿天祥东路行驶70米，右转进入欢东路

4.沿欢东路行驶450米，右转进入天鹤路

5.沿天鹤路行驶460米，左后方转弯进入星都路

6.沿星都路行驶2.1公里，左转进入星发街

7.沿星发街行驶870米，直行进入星发街

8.沿星发街行驶110米，在第1个出口，右转进入临平大道

9.沿临平大道行驶2.6公里，朝莫干山/塘栖/G25方向，左转进入S304

10.沿S304行驶6.8公里，直行进入塘栖路

11.沿塘栖路行驶2.2公里，直行进入里仁北路

12.沿里仁北路行驶1.5公里，进入大苑线

13.沿大苑线行驶1.8公里，过库桥，右前方转弯进入白云南路

14.沿白云南路行驶3.7公里，直行进入S304

15.沿S304行驶7.1公里，右转进入乾龙北路

16.沿乾龙北路行驶490米，左前方转弯进入乾龙路

17.沿乾龙路行驶200米，右前方转弯进入环城南路

18.沿环城南路行驶100米，进入环城南路

19.沿环城南路行驶200米，右前方转弯

20.行驶560米，右转

21.行驶30米，右前方转弯

22.行驶380米，到达终点(在道路右侧)

终点：德清县乾元镇政府

线路二：

驾车路线：全程约39.0公里

起点：杭州市广厦天都城

1.从起点向正西方向出发，行驶60米，右转

2.行驶50米，左转进入天祥东路

3.沿天祥东路行驶70米，右转进入欢东路

4.沿欢东路行驶450米，右转进入天鹤路

5.沿天鹤路行驶460米，左后方转弯进入星都路

6.沿星都路行驶2.1公里，左转进入星发街

7.沿星发街行驶870米，直行进入星发街

8.沿星发街行驶240米，在第3个出口，左转进入沪瑞线

9.沿沪瑞线行驶2.9公里，朝S13/塘栖良渚方向，右转进入运河路

10.沿运河路行驶6.0公里，直行进入崇码线

11.沿崇码线行驶1.1公里，直行进入疏港公路

12.沿疏港公路行驶3.0公里，右转进入仁河大道

13.沿仁河大道行驶3.0公里，调头进入仁河大道

14.沿仁河大道行驶390米，到达途经点

15.沿仁河大道行驶680米，调头进入仁河大道

16.沿仁河大道行驶3.9公里，左转进入良塘线

17.沿良塘线行驶310米，右转进入永泰路

18.沿永泰路行驶1.6公里，左转

19.行驶380米，右前方转弯

20.行驶670米，过右侧的獐山水产村约270米后，右前方转弯进入胜利路

21.沿胜利路行驶1.2公里，左转

22.行驶650米，右转

23.行驶1.3公里，直行进入乾溪路

24.沿乾溪路行驶6.1公里，左前方转弯进入乾龙北路

25.沿乾龙北路行驶180米，左前方转弯进入乾龙路

26.沿乾龙路行驶200米，右前方转弯进入环城南路

27.沿环城南路行驶100米，进入环城南路

28.沿环城南路行驶130米，在第1个出口，右转进入环城西路

29.沿环城西路行驶540米，左转进入西郊路

30.沿西郊路行驶100米，到达终点(在道路右侧)

终点：德清县乾元镇政府