在施足基肥的基础上，还要在生长期间进行追肥。追肥以速效性氮肥为主，配合使用磷肥和钾肥。追肥量一般占总施肥量的1/2～2/3。追肥时要根据南瓜不同生育期所需氮、磷、钾的不同而分批进行。苗期追肥以氮肥为主，目的是促进秧苗发棵，一般667米2施尿素5～8千克，结果期不仅需供应充足的氮肥，同时要求磷、钾肥的及时补充，以保证果实充分膨大，一般在坐果后，每667米2施尿素10～15千克，硫酸钾5～10千克，共追施1～2次。在追肥时应注意位置，苗期追肥应靠近植株基部施用，进入结果期，追肥位置应逐渐向畦的两侧移动，一般进行条施。在石灰性土壤上，氮肥应遵循深施覆土的施肥原则，特别是碳酸氢铵，一定要深施6厘米覆土，以免肥料挥发，降低肥效。碳酸铵、尿素等化学性状稳定的氮肥，可采用撒施结合灌水来进行追肥。

目前还可以采用追施有机肥和复合肥。北方地区分别在6月上旬、7月上旬、8月上旬进行3次追肥，第1次每株用“一特”牌活性有机肥或膨化鸡粪7～8千克，加三元复合肥1千克，在植株周围距苗30～40厘米处开环形沟，深5～10厘米，施肥浇水并覆土。第2次和第3次均在距离苗60～65厘米处开沟，每株追“一特”牌活性有机肥或膨化鸡粪10千克加氯化钾1～2千克，开花结果后不再追肥，只进行叶面追肥。