学校始建于1948年，前身是中共中央西满分局创建的黑龙江省农业干部学校。

1949年，嫩江省农业干部学校并入

1950年，变更为黑龙江农业专科学校。

1956年，经国务院批准，黑龙江农业专科学校更名为北安农学院，开始四年制本科教育。

1956年4月，长春农学院筹备处组建。7月，国务院、中央军委决定将中国人民解放军兽医大学全体职工集体转业到地方，改名为长春畜牧兽医大学，设有畜牧、兽医和军事兽医三个系。

1957年8月，中央农垦部将长春畜牧兽医大学迁移交给吉林省领导。在此期间，黑龙江省和吉林省，也在酝酿将北安农学院调整给吉林省。基于这种情况，吉林省人民委员会决定长春农学院筹备处暂时不招生，并向中央报告，请求将北安农学院拨给吉林省与长春畜牧兽医大学合并，成立长春农学院。

10月28日，高教部和农业部联合报请国务院批准将北安农学院调整给吉林省，与长春畜牧兽医大学合校，成立吉林农学院，并争取于1958年暑期进行迁校。

11月12日，国务院、中央高教部、农业部先后批复。北安农学院与长春畜牧兽医大学合并，成立吉林省农学院。

1958年4月，北安农学院、长春畜牧兽医大学、长春农学院、吉林农业大学

筹备处等合并成立长春农学院，周恩来总理亲笔题写了“长春农学院”校名。

1959年3月，长春农业机械化专科学校并入长春农学院。

吉林农业大学位于吉林省省会长春市，是吉林省省属重点大学、吉林省人民政府与农业农村部合作共建大学，入选国家“中西部高校基础能力建设工程”，首批教育部、国家外专局‘高等学校学科创新引智计划’（“111”计划）省属高校。

中国政府奖学金来华留学生接收院校，教育部本科教学工作评估优秀学校，全国毕业生就业典型经验高校，首批全国创新创业典型经验高校，全国首批深化创新创业教育改革示范高校、教育部首批高等学校科技成果转化和技术转移基地。