1、引起土壤酸度变化。过磷酸钙、硫酸铵、氯化铵等都属生物酸性肥料，即植物吸收肥料中的养分离子后，土壤中氢离子增多，易造成土壤酸化。长期大量施用化肥，尤其在连续施用单一品种化肥时，在短期内即可出现这种情况。土壤酸化后会导致有毒物质的释放，或使有毒物质毒性增强，对生物体产生不良影响。土壤酸化还能溶解土壤中的一些营养物质，在降雨和灌溉的作用下，向下渗透补给地下水，使得营养成分流失，造成土壤贫瘠化，影响作物的生长。

2、导致土壤板结，肥力下降。化肥使用过多，大量的NH4+、K+和土壤胶体吸附的Ca2+、Mg2+等阳离子发生交换，使土壤结构被破坏，导致土壤板结。大量施用化肥，用地不养地，造成土壤有机质下降，化肥无法补偿有机质的缺乏，进一步影响了土壤微生物的生存，不仅破坏了土壤肥力结构，而且还降低了肥效。

3、有害物质对土壤产生污染。制造化肥的矿物原料及化工原料中，含有多种重金属放射性物质和其他有害成分，它们随施肥过入农田土壤造成污染。

有机肥料能直接提供相当数量的营养物质，还能提高大量营养元素和微量营养元素的植物有效性及化学氮肥的利用率。有机无机肥配合施用对提高农产品的营养品质、感官品质和加工品质均有良好的促进作用。尤其是果品蔬菜的生产，多施用有机肥料能提早成熟；增加色泽，提高糖度和改善口感；延长产品的货架期。

但是，有机肥料施用不当易使作物在生育前期发生氮营养缺乏，而在生育后期发生氮营养过剩，这在水稻和大麦、小麦等禾谷类作物上较为常见，最终导致子粒产量和品质的下降。

未经无害化处理或处理不完全的人畜粪尿作有机肥料施用时通常使农产品，尤其是蔬菜产品沾染各类病原体，使其卫生质量下降。

污泥、城市生活垃圾及养殖场畜禽粪便等有机肥料通常含有一定数量的重金属，不合理施用时会使农产品中的重金属含量达到甚至超过食品卫生临界指标，使农产品的卫生质量下降。