当驾驶证扣分超过12分时，根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，处理方式如下：

扣留驾驶证 ：公安机关交通管理部门将扣留驾驶证。

参加学习：

驾驶员需要在规定时间内（通常是十五日）到驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习。

参加考试：

学习结束后，驾驶员需要在二十日内参加道路交通安全法律、法规和相关知识的考试。

考试结果

如果考试合格，记分将被清除，并会发还驾驶证。

如果考试不合格，驾驶员需要继续参加学习和考试。

特殊驾照处理

对于持有A、B类驾照的驾驶员，如果在一个记分周期内有记满12分的记录，车辆管理所将注销其最高准驾车型的驾驶资格，并在三十日内办理降级换证业务。

对于C类驾照，如果记满12分，将暂扣驾驶证，并重考科目一，考试合格后才能上路行驶。

拒绝学习和考试：

如果驾驶员拒不参加学习或考试，其驾驶证可能会被公安机关交通管理部门公告停止使用。

请根据具体情况，遵循当地交通管理部门的具体规定和程序进行处理。